El programa de ordenamiento ecológico incluye una zonificación, los lineamientos ecológicos para cada zona y un conjunto de estrategias ecológicas. Un lineamiento ecológico se define como un enunciado general que refleja la meta o estado deseable de una unidad territorial o zona. Para que sea válido, un lineamiento ecológico deberá cumplir con las siguientes condiciones:

(1) establecerse consensuadamente entre los sectores involucrados en el seno del comité de ordenamiento ecológico:

(2) fundamentarse con la mejor información técnica y científica.

(3) generarse mediante procedimientos sistemáticos y transparentes. Por su parte, las estrategias ecológicas incluirán todas las acciones, programas y proyectos de los tres órdenes de gobierno con los que se busca alcanzar los lineamientos correspondientes.